Java für die Life Sciences

Eine Einführung in die angewandte Bioinformatik. Lernen Sie grundlegende Java-Techniken, die für die Auswertung von Biodaten benötigt werden.

Diese Einführung in die angewandte Bioinformatik mit Java vermittelt Ihnen grundlegende Java-Techniken, die für die Analyse von Daten in den Life Sciences benötigt werden. Das Buch richtet sich an Studenten, Wissenschaftler und Praktiker mit Grundkenntnissen in einer höheren Programmiersprache. Es bietet Ihnen einen fundierten Einstieg in die Kernthemen der Programmierung in den Life Sciences.

Aussagekräftige Beispiele aus der Bioinformatik illustrieren alle notwendigen Schritte, damit Sie in kurzer Zeit Ergebnisse mit Java erzielen können. Biologische Zusammenhänge werden immer dann beschrieben, wenn sie zum Verständnis des Problems hilfreich sind. Anhand der zahlreichen Praxisprojekte und Übungsaufgaben lernen Sie, Ihre eigenen, gut durchdachten Softwarelösungen zu schreiben.

Themen des Buchs:

• Die Java-Arbeitsumgebung: Installation und Einrichten von JDK, Eclipse, Git und Maven
• Java zum Auffrischen: Programmierkonzepte wie Variablen, Arrays und Schleifen sowie objektorientiertes Programmieren
• Data Engineering: Workflows für den Data Lifecycle, die Arbeit mit XML, JSON, SQL, API-Schnittstellen und BASH
• Data Mining: Methoden der Klassifizierung und des Clusterings wie Binning, Hashing, statistische Modelle und K-Means
• Netzwerkanalyse: Einführung in die Bibliothek JGraphT, Graphen als Methode zur Darstellung biologischer Prozesse
• Bildverarbeitung: die Arbeit mit ImageJ für Partikelanalyse, Objektklassifizierung und Farbanalyse
• Sequenzanalyse: die Bibliothek BioJava, Sequence Alignment, BLAST und Next-Generation Sequencing